幕府時代中期，德川中央財政日漸虧空。貪婪的統治者為了聚斂錢財，不惜大肆剝削地方大名的財產和土地。為達到監控大名的目的，幕府向地方派出眾多有著“暗影”之稱的密探。地方不勝其擾，于是聯合其他諸藩聘請有著“暗影獵人”之稱的絕世高手狙擊這群來自中央的惡徒。室戶十兵衛（石原裕次郎 飾）、“日光”干武之進（內田良平 飾）、“月光”日下弦之助（成田三樹夫 飾）三人皆因幕府和暗影成為無主可依的浪人，出于對幕府的憎恨，他們結成了暗影獵人三人組。但馬國出石藩新發現的礦藏，引得幕府垂涎，幕府為此奸計百出，而十兵衛率領的暗影獵人和暗影集團的戰爭也愈演愈烈……