幽靈軍團的黃泉（中村秀利 配音）通過神秘的暗黑醫療術，復活了具有足以毀滅世界恐怖力量的魔物魍魎（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王國。魍魎俯身于黃泉身上，隨即命令幽靈軍團攻打鬼之國，企圖殺害具有封印魔物和預言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并準備奪回魍魎封印在沼之國的肉體。一旦魍魎的靈魂和肉體合二為一，世界將徹底滅亡。鬼之國遇襲的消息很快傳到其他各國，葉隱村的忍者也被調動起來。鳴人（竹內順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、寧次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保護紫苑。然而，鳴人卻從紫苑的口中得到他將死去的預言……
　　本片為《火影忍者》第四部劇場版動畫。