公元2010年。全球規模的“超級颶風”使世界各國遭受了巨大的損失。已經膨脹到80億的人口一下子減少了50億，變成了30億。經濟和軍事的均衡隨之崩潰了。
　　北美、俄羅斯、北歐被冰雪覆蓋，平原地區沉入大海，世界地圖突變，混沌時代來臨了。日本政府在各地建立經濟特區，獲得了一定的復興。預先開發的“力量輔助”技術為復興作出了巨大貢獻。但是，特區以外的地區，貧困不斷加劇，貧民區不斷擴大。統治階級自稱為“Logos”，將“力量輔助”技術轉而用于軍事。他們將貧困階級稱為“Levinas(孤立者)”，排斥他們。
　　時光流逝，公元2035年。
　　脫離了為監視“Levinas”，鎮壓“Logos”內部的叛亂分子而組成的特殊部隊“幻影”的主人公葛城丈與伙伴鶴澤，與神秘的少女登戸沙那巧遇。圍繞著沙那，各種人的思慮紛繁纏繞，故事向前發展。他們3個人前進的方向上，究竟有什么......