幕府時代末期，外憂內患，山河動蕩，百姓生活困苦，且生命時刻受到威脅。少年心太因其善良純潔之心感動飛天御劍流高手比古清十郎，被其收入門下學習劍法，更名劍心。
　　在國家危難之際，年輕的劍心懷揣改變時代的夢想下山，加入奇兵隊，日后更被桂小五郎納入麾下，以劊子手的身份為時代的變革盡一份綿薄之力。年僅15歲的劍心接連刺殺多名政府要員，令對手聞風喪膽，直到某一天，一名下級武士在他的臉上留下一道無法愈合的傷疤。
　　來至京都尋找愛人的雪代巴邂逅了劍心，正是眼前這名瘦弱的男子將愛人從她的生命中帶走。巴走入劍心的生活，隨之經歷了政治斗爭的血雨腥風和田園鄉下的寧靜淡雅。也許她正是劍心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大時代的背景之下，兩個人的渺小幸福一觸即碎……