1992年，一架飛碟突然出現日本上空。飛碟走下三名自稱時來自23世紀地球聯邦機構的官員，他們要求直接與日本首腦對話，敦促日本盡快消滅哥斯拉，防止重蹈未來亡國的命運。
　　專事研究各種神秘事件的寺澤健一郎（豐原功補 飾）在未來寫過《哥斯拉誕生》一書，其中披露了這只恐怖怪獸誕生的秘密。根據這本書的記載，未來人提出要健一郎、曾在太平洋戰爭期間目擊哥斯拉的恐龍專家真崎洋典（佐佐木勝彥 飾）以及國家超科學研究中心成員三枝未希（小高惠美 飾）乘坐時光機返回1944年的拉哥斯小島，試圖將哥斯拉傳送到別的地方。
　　寺澤他們的行動取得成功，但是20世紀卻出現了另一頭怪獸三頭金龍王。種種詭異事件的背后，可怕的危機遽然降臨……